Para muitos, a chegada dos imigrantes à Ilha Ellis duraria de uma semana a alguns meses. Se houvesse uma preocupação com um passageiro que tivesse a ver com um problema legal ou médico, o passageiro seria removido e mantido em um dos alojamentos hospitalares do edifício localizado ao lado da entrada do nível principal. Dependendo da situação, a pessoa seria mantida na ilha durante uma semana ou um mês ou seria deportada de volta ao seu país de origem. O hospital da ilha era um dos maiores hospitais de saúde pública dos Estados Unidos. Havia vinte e dois edifícios hospitalares espalhados por duas ilhas. Devido ao estatuto do hospital e ao seu tamanho de pessoal que empregava mais de 300 médicos, enfermeiros e outro pessoal médico, o hospital era bem conhecido por atrair observadores médicos da Europa dos Estados Unidos.