For mange indvandrere ankomst til Ellis Island ville vare alt fra en uge til et par måneder. Hvis der var en bekymring med en passager, der havde at gøre med juridiske eller medicinske passageren ville blive fjernet og holdt i en af bygningen hospital kvartaler ligger ved siden af de vigtigste niveau indgangen. Afhængigt af situationen ville personen enten blive holdt på øen i en uge eller måned eller blive deporteret tilbage til deres oprindelige land. Hospitalet på øen var et af de største offentlige sundhedshospital i USA. Der var 22 hospitalsbygninger fordelt på to øer. På grund af status af hospitalet og dets dimensionering af personale, der beskæftigede over 300 læger, sygeplejersker og andet medicinsk personale, hospitalet var velkendt for at trække i medicinske observatører fra USA Europa.